Analyses de l’expression des gènes par séquençage
Acobiom propose des services d’analyses RNA-Seq. Cette approche permet de mesurer le niveau d’expression des gènes par séquençage, une expertise de plus de 20 ans de la société.
Le RNA-Seq est une méthode puissante pour identifier et décoder quantitativement la population entière des ARN dans un échantillon.
Cette analyse de l’expression des gènes (transcriptome) permet ainsi de déterminer quels sont les gènes exprimés dans différentes conditions et de comparer leurs niveaux d’expression.
Du conseil sur le design de l’étude, en passant par l’extraction d’ARN, le traitement bioinformatique des séquences générées, et l’analyse biostatistique des données transcriptomiques obtenues, Acobiom fournit un pipeline complet décrit dans le workflow ci-dessous.
Le RNA-Seq est utilisé dans une grande variété d’applications : identification de biomarqueurs liés à une pathologie ou une condition physiopathologique, analyse des effets d’une molécule ou d’un traitement, stratification de patients pour cibler une thérapie…
Par ailleurs, la technique RNA-Seq ne dépend pas nécessairement d’une connaissance préalable des séquences ou du génome. Par conséquent, le profilage du transcriptome de n’importe quelle espèce est possible.
Une expertise de plus de 20 ans dédiée à chaque étude
L’expertise de plus de 20 ans
d’Acobiom dans la réalisation de transcriptomes par séquençage lui permet de réaliser des librairies de haute qualité,
à faible coût, en travaillant notamment sur des quantités faibles d’ARN total
(50 à 100 ng).
Pour chaque analyse RNA-Seq,
Acobiom propose ainsi de réaliser les étapes décrites ci-dessous ou certaines d’entre elles, en fonction du projet :
- Design expérimental,
- Optimisation de la préparation des prélèvements et du stockage,
- Extraction et qualification des ARN,
- Préparation des librairies,
- Séquençage,
- Contrôle de la qualité des données,
- Cartographie du génome de référence,
- Comparaison des séquences lues,
- Annotation des séquences,
- Aperçu des gènes exprimés, analyse, visualisation et validation statistique.
Traitements bioinformatiques de données RNA-Seq
Pour l’analyse bioinformatique du transcriptome par RNA-Seq, Acobiom suit un workflow comprenant les étapes suivantes :
- Profilage de l’expression de gènes dans différentes conditions biologiques (cartographie sur un génome de référence annoté, comptage, normalisation, annotation des séquences),
- Etude des gènes exprimés et comparaison (analyses différentielles, visualisation and validation statistique).
Les services de traitements bioinformatiques comprennent les étapes suivantes :
- Contrôler la qualité des données de séquençage,
- Nettoyer les données de séquençage ;
- Cartographier ces données sur un génome de référence ;
- Compter les séquences cartographiées ;
- Standardiser les données ;
- Comparer les données avec d’autres profils RNA-Seq ;
- Annoter et analyser les données ;
- Visualiser et valider statistiquement les résultats.
Les livrables comprennent :
- Séquences brutes (FASTQ),
- Cartographie des résultats (BAM),
- Tables des résultats du comptage des séquences identifiés par la cartographie,
- Tables de comparaison des comptages avec annotations et analyses statistiques.
Le RNA-Seq fournit des valeurs absolues et ne nécessite aucun étalonnage avec des normes arbitraires. Les profils transcriptomiques obtenus peuvent être comparés à d’autres profils RNA-Seq générés par la communauté scientifique ou d’autres laboratoires, et notamment ceux présents dans la base de données MaRS développée par la société.
Pour plus d’information sur les services RNA-Seq proposés par Acobiom, merci de contacter la société.
