ACOBIOM propose un nouveau service: mesurer l’inflammation dans les organes et le sang par Digital PCR ou PCR en Temps-Réel

L’inflammation est associée à la plupart des pathologies : infections, cancers, maladies cardiovasculaires, syndromes métaboliques, maladies auto-immunes… L’inflammation peut également survenir en réponse à une agression biologique ou chimique, ou être associée à une réponse médicamenteuse.

Pour mesurer les réponses inflammatoires et étudier les maladies liées à l’inflammation dans les organes et le sang, ACOBIOM propose un test de Digital PCR ou de PCR en Temps-Réel ciblant un panel de gènes liés à l’inflammation chez l’Homme / la Souris / le Rat, incluant des gènes potentiellement régulés et des gènes de référence.

ACOBIOM a sélectionné un panel de gènes liés à l’inflammation

Ce panel est composé de 51 gènes sélectionnés et de 8 gènes de référence. Tous ont été sélectionnés par l’équipe scientifique d’ACOBIOM à partir de la littérature et aussi de sa base de données propriétaire de profils d’expression génique, appelée MaRS.

Ces gènes déclenchent des voies de signalisation inflammatoire, le plus souvent les voies NF-κB, MAPK et JAK-STAT. Ces voies sont disponibles dans des bases de données telles que DAVID, une base de données pour l’annotation, la visualisation et la découverte intégrée (https://david.ncifcrf.gov/home.jsp), STRING (http://string-db.org/), et KEGG (https://www.genome.jp/kegg).

ACOBIOM a développé quant à elle la base de données MaRS à partir de 27.000 profils RNAseq publics collectés suivant une méthode unique pour permettre leur compilation dans une matrice unique. Cela nécessite l’intégration d’outils spécifiques de bioinformatique, de science des données et d’apprentissage automatique (machine learning) pour l’analyse des données omiques.

Sur la base de l’analyse des gènes orthologues (gènes communs aux trois espèces susmentionnées), l’équipe scientifique d’ACOBIOM a conçu et synthétisé des amorces très sensibles associées à des sondes.

Pour réaliser cette analyse par PCR, un protocole basé sur la PCR numérique ou la PCR en Temps-Réel est utilisé en fonction de la quantité et de la qualité du matériel biologique (ARN extrait de tissus ou de biopsies liquides).

Ensuite, ACOBIOM effectue l’analyse complète des données. Tout d’abord, l’analyse des données permet d’évaluer les gènes de maintien en utilisant la méthode de la valeur M (M-value method) pour évaluer l’expression et les valider dans une condition spécifique. Ensuite, ACOBIOM développe une stratégie d’apprentissage automatique en utilisant les mêmes variables que dans une approche par algorithme génétique. Cette stratégie multi-marqueurs associée à une approche d’apprentissage machine de pointe permet de distinguer deux sous-groupes de patients, deux réponses ou concentrations de médicaments différentes, et bien plus encore. Par exemple, l’apprentissage automatique peut intégrer les résultats du panel de gènes de l’inflammation avec d’autres données telles que des données cliniques, biologiques ou d’autres données Omics.

ACOBIOM spécialiste du traitement des données omiques

Pour donner du sens à l’analyse de chaque gène lié à l’inflammation, ACOBIOM fournit un rapport comprenant l’analyse des données brutes, la spécificité de la PCR, l’efficacité de la PCR, la répétabilité/reproductibilité du test, et des informations spécifiques dédiées à chaque étude (selon les directives de la MIQE).

Pour obtenir plus d’informations sur ce panel de gènes liés à l’inflammation et le service associé réalisé par PCR numérique ou PCR en Temps-Réel, veuillez contacter l’équipe commerciale d’ACOBIOM : busdev[@]acobiom.com.v