Services d’analyse d’expression des gènes par qPCR
Acobiom fournit des services d’analyse d’expression des gènes, de mutations ou de méthylation de l’ADN par PCR en temps réel ou PCR Digital, que cela soit pour des tests personnalisés intégrant des gènes cibles ou un panel de cibles prédéterminées.
La PCR en temps réel est la méthode de choix pour
mesurer le niveau d’expression des gènes.
De la conception des sondes à l’analyse biostatistique des données, en passant par la
préparation des échantillons, l’équipe d’Acobiom sélectionne la plateforme PCR appropriée (Applied Biosystems, Roche Diagnostics,
Fluidigm…) et la chimie (sondes TaqMan, intercalant nucléaire, essais multiplex,
HRM…) la plus adaptée aux besoins de ses clients ou partenaires (RUO ou In-Vitro
Diagnostic/IVD device grade).
Forte de nombreux projets, la société propose et prend en charge l’extraction du matériel
génétique, la quantification et la qualification des échantillons :
- Biopsies liquides,
- Tubes PAXgene,
- Lignées cellulaires,
- Tissus FFPE,
- Tissus frais ou congelés,
- ...
Pour mesurer le niveau d’expression des gènes, la PCR en temps réel nécessite l’utilisation de gènes de référence, ainsi que des analyses statistiques basées sur des méthodes mathématiques établies.
ACOBIOM identifie et sélectionne ces gènes de
référence pour réaliser les expériences de PCR de ses clients et partenaires en suivant
les directives MIQE (Minimum Information necessary for evaluating qPCR Experiments). La
sélection des gènes de référence est basée sur la stabilité de leurs expressions dans
toutes les conditions expérimentales étudiées. Ils sont donc nécessaires et cruciaux pour
une analyse PCR réussie et reproductible.
La société possède une grande expertise en analyses PCR (qPCR, RT-PCR, qRT-PCR) pour
fournir la solution la plus adaptée et la plus complète selon les spécifications de ses
clients ou partenaires.
Son équipe technique propose également la Digital PCR qui permet une quantification
absolue de l’ARN/ADN avec une très grande précision.
Voici quelques exemples d’applications :
- Génotypage,
- Détection de pathogènes,
- Détection de l'édition de gènes (CRISPR/Cas9),
- Détection de la variation du nombre de copies (CNV),
- Détection d’ADN tumoral circulant,
- Méthylation,
- ...
Par ailleurs, Acobiom propose un test de Digital PCR ou de PCR en Temps-Réel ciblant un panel de gènes pour mesurer les réponses inflammatoires et étudier les maladies liées à l’inflammation dans les organes et le sang chez l’Homme / la Souris / le Rat, incluant des gènes potentiellement régulés et des gènes de référence.
Ce panel « inflammation » est composé de 51 gènes cibles et de 8 gènes de référence. Tous ont été sélectionnés par l’équipe scientifique de la société à partir de la littérature et de sa base de données propriétaire de profils d’expression génique, appelée MaRS.
Pour donner du sens aux données générées, Acobiom fournit un rapport incluant l’analyse des données brutes, la spécificité de la PCR, l’efficacité de la PCR, la répétabilité/reproductibilité du test et les informations spécifiques dédiées aux analyses fournies (selon les directives MIQE).
Les services fournis comprennent :
- Analyses d’expression différentielle croisées,
- Réduction de dimension,
- Création de classifier,
- Modélisation,
- Extraction et optimisation de paramètres
Les livrables comprennent :
- Synthèse graphique complète et facile à interpréter pour tout type de valorisation,
- Synthèse analytique en adéquation avec les autorités de santé,
- Outil prédictif/diagnostic d’aide à la décision,
- Rédaction pour la valorisation scientifique/industrielle,
- Listing de biomarqueurs validés
Pour compléter ses services d’analyse par PCR, Acobiom propose aussi de sélectionner des ensembles de biomarqueurs ARN/ADN pour des kits de diagnostic de routine via la technologie PCR.
Pour plus d’information sur les services d’analyse par PCR proposés par Acobiom, merci de contacter la société.
